مقایسه کارایی یک تابع انرژی دانش پایه و یک تابع نیروی دانش پایه در نمره دهی کمپلکس های پروتئین-پروتئین

تابع نیروی دانش پایه نوعی از توابع نمره دهی می باشد که از آن در زمینه تشخیص فولد پروتئین ها با موفقیت قابل توجهی استفاده شده است. ما در این مطالعه کارایی نوعی تابع انرژی دانش پایه و تابع نیروی هم ارز آن را در تشخیص کمپلکس های درست پروتئین-پروتئین از کمپلکس های نادرست، با یکدیگر مقایسه کردیم. مقدار نیروی کل که از یک جزء کمپلکس (گیرنده/لیگاند) بر جزء دیگر وارد می شود به عنوان معیار پایداری کمپلکس، مورد استفاده قرار گرفت. چنین انتظار می رود که این نیرو در ساختار طبیعی کمترین مقدار را داشته باشد. جهت ارزیابی کارایی هر روش، دو مجموعه مورد استفاده قرار گرفت که یکی از آنها با الگوریتم داکینگ جسم نرم و دیگری با الگوریتم داکینگ جسم سخت ایجاد شده بودند. نتایج حاصل از این مقایسه نشان می دهد نرخ موفقیت مدل انرژی در انتخاب ساختار های طبیعی و نزدیک به طبیعی بالاتر از روش نیرو می باشد. ظاهرا وابستگی مقدار نیرو به شکل ناحیه اتصال کمپلکس ها باعث ایجاد خطاهایی در مدل نیرو شده که سبب نامناسب گردیدن آن در نمره دهی کمپلکس های داک شده می شود.